Instituto de Microbiología

Colegio de Ciencias Biológicas y Ambientales
Acerca de nosotros

El Instituto de Microbiología promueve la colaboración interdisciplinaria para el desarrollo de investigaciones en el área de Microbiología.

La Microbiología es un campo de la ciencia con innumerables aplicaciones tales como: salud, ambiente, alimentos, agricultura, biotecnología, etc. Por este motivo, el Instituto de Microbiología promueve la colaboración entre profesores que pertenecen a distintos colegios de la USFQ y que tengan intereses relacionados a este campo. El Instituto brinda oportunidades a los profesores de dirigir tesis de posgrado (a nivel maestría y doctorado) dentro de las diversas aplicaciones de la Microbiología.

Programas de Posgrado Relacionados
Intereses de investigación

El Instituto de Microbiología tiene intereses de investigación en distintos campos: Medicina, Veterinaria, Agricultura, Industria Alimenticia, Industria Farmacéutica, Bioremediación, Biocombustibles, Industria, Silvicultura, Pesca, entre otros.

Equipo
Misión

Formar profesionales capacitados para enfrentar los retos de la Microbiología moderna y promover la investigación científica en el Ecuador.

Visión

Crear un centro de investigaciones de reconocimiento internacional que promueva la investigación en el área de Microbiología con una visión multidisciplinaria.

Investigadores

Investigadores Asociados USFQ

Stella de la Torre Profesora Tiempo Completo e Investigadora, Colegio de Ciencias Biológicas y Ambientales, COCIBA.
Lourdes Torres Vicedecana, Coordinadora Biotecnología, Laboratorio de Biotecnología Vegetal. COCIBA.
Andrés Caicedo Profesor-Investigador BioMed/Director Laboratorio de Investigación - COCSA
Andrea Encalada Vicerrectora, Directora del Laboratorio de Ecología Acuática, COCIBA
Enrique Terán Director, Hospital Simulación Médica, Colegio de Ciencias de la Salud, COCSA.
Carlos Valle Director Asociado para la investigación de Ecología y Biología Evolutiva del Galápagos Science Center, COCIBA.
Ana Cristina Aguilar Profesora de Embriología e Infecciosas, Colegio de Ciencias de la Salud, COCSA.
Antonio León Biotecnología Agrícola y de Alimentos, Colegio de Ciencias e Ingenierías, Politécnico.
Renato León Profesor de Entomología Médica / Director Laboratorio de Entomología Médica y Medicina Tropical, COCIBA.
Pablo Endara Profesor Tiemplo Completo e Investigador, COCSA.
Pieter Van’ t Hof Profesor Tiempo Completo e Investigador, COCIBA.
Carlos Barba Profesor Tiempo Completo e Investigador, COCSA
Lourdes Orejuela Profesora Tiempo Completo e Investigadora, Politécnico
José F. Álvarez Coordinador de Ingeniería Química, Profesor Tiempo Completo e Investigador, Politécnico

Investigadores asociados Externos

Gabriela Vasco Universidad Central del Ecuador
Jaysoom Abarca Hospital Eugenio Espejo
Gustavo Calle Hinojosa Hospital José Carrasco Arteaga
Thalía Ortega Solca Quito
Denis Augot ANSES, Francia
Emmanuel Breard ANSES, Maison Alfort, Francia
Montserrat Gállego Universidad de Barcelona, España
Gustavo Spinelli Universidad Nacional de la Plata, Argentina
Karen Levy Rolling School of Public Health, Emory University
Jay Graham Public Health Institute
Joe Eisenberg School of Public Health, University of Michigan
Lixin Zhang CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology & Immunology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences (IMCAS)
Nuno Filipe Azevedo Departamento de Ingeniería Química, Universidad de Porto, Portugal
Laura Isabel Macieira Cerqueira Departamento de Ingeniería Química, Universidad de Porto, Portugal
Carina Almeida Departamento de Ingeniería Biológica, Universidad del Minho, Portugal
Empresa spin-off BIOMODE Determination S.A.
Fernando González Universidad de Valencia, FISABIO
Christopher Logue PHE (PUBLIC NATIONAL HEALTH)
Verónica Paz Hospital Delfina Torres de Concha
Josefina Coloma Universidad de Berkley
Jérôme Depaquit Université de Reims,
Carlos Peña Garay Universidad de Valencia, Isys2bio
Tatiana Mosquera Universidad Politécnica Salesiana
Silvia Espín Distrito Metropolitano de Quito
Talima Pearson Northern Arizona University
María Eugenia Silva Universidad Central del Ecuador
Linda Guamán Universidad UTE
Patricia Zambrano ESPAM
César Bedoya INSPI
Valeria Ochoa Decana de la Escuela de Ingeniería, Ciencia y Tecnología, Universidad del Rosario, Colombia
Lino Arisqueta Profesor Investigador, Universidad UISEK, Ecuador
Brian Doyle Profesor, Alma College, Michigan, EEUU
Jorge Ron Profesor, Universidad de las Fuerzas Armadas ESPE, Ecuador
María Augusta Chávez Profesora, Universidad de las Fuerzas Armadas ESPE, Ecuador

Áreas de Investigación

Área Coordinador
Microbiología Clínica Cristina Chávez
Microbiología de Alimentos y Aguas Lorena Mejía
Parasitología Sonia Zapata
Bacteriología Gabriel Trueba y Antonio Machado
Genómica Bacteriana Verónica Barragán
Entomología Médica Renato León
Microbiología Ambiental y Vegetal Valeria Ochoa-Herrera y María de Lourdes Torres
Virología Christopher Logue

Publicaciones

Scientific publications

List of publications: https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=8aCv1dwAAAAJ

→ 2022

  • Olalla Barreiro-Costa, Cristina Quiroga Lozano, Erika Muñoz, Patricio Rojas-Silva, Andrea Medeiros, Marcelo A. Comini, Jorge Heredia-Moya. Evaluation of the anti-Leishmania mexicana and -Trypanosoma brucei activity, and mode of action of 4,4′-(arylmethylene)bis(3-methyl-1-phenyl-1H-pyrazol-5-ol). Biomedicines 2022, 10(8), 1913; https://doi.org/10.3390/biomedicines10081913
  • Carrazco-Montalvo, A.; Herrera-Yela, A.; Alarcón-Vallejo, D.; Gutiérrez-Pallo, D.; Armendáriz-Castillo, I.; Andrade-Molina, D.; Muñoz-Mawyin, K.; Fernández-Cadena, J.C.; Morey-León, G.; USFQ-COVID-19 Consortium; CRN Influenza y OVR—INSPI; Patiño, L. Omicron Sub-Lineages (BA.1.1.529 + BA.*) Current Status in Ecuador. Viruses 2022, 14, 1177. https://doi.org/10.3390/v14061177
  • Keiya Uriu, Paúl Cárdenas, Erika Muñoz, Veronica Barragan, Yusuke Kosugi, Kotaro Shirakawa, Akifumi Takaori-Kondo, Ecuador-COVID19 Consortium, The Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium, Kei Sato. Characterization of the immune resistance of SARS-CoV-2 Mu variant and the robust immunity induced by Mu infection. The Journal of Infectious Disease 2022, jiac053, https://doi.org/10.1093/infdis/jiac053
  • Meng, B., Abdullahi, A., Ferreira, I.A.T.M., Goonawardane, N., Saito, A., Kimura, I., Yamasoba, D., Gerber, P.P., Fatihi, S., Rathore, S., Zepeda, S.K., Papa, G., Kemp, S.A., Ikeda, T., Toyoda, M., Tan, T.S., Kuramochi, J., Mitsunaga, S., Ueno, T., Shirakawa, K., Takaori-Kondo, A., Brevini, T., Mallery, D.L., Charles, O.J., Baker, S., Dougan, G., Hess, C., Kingston, N., Lehner, P.J., Lyons, P.A., Matheson, N.J., Ouwehand, W.H., Saunders, C., Summers, C., Thaventhiran, J.E.D., Toshner, M., Weekes, M.P., Maxwell, P., Shaw, A., Bucke, A., Calder, J., Canna, L., Domingo, J., Elmer, A., Fuller, S., Harris, J., Hewitt, S., Kennet, J., Jose, S., Kourampa, J., Meadows, A., O’Brien, C., Price, J., Publico, C., Rastall, R., Ribeiro, C., Rowlands, J., Ruffolo, V., Tordesillas, H., Bullman, B., Dunmore, B.J., Gräf, S., Hodgson, J., Huang, C., Hunter, K., Jones, E., Legchenko, E., Matara, C., Martin, J., Mescia, F., O’Donnell, C., Pointon, L., Shih, J., Sutcliffe, R., Tilly, T., Treacy, C., Tong, Z., Wood, J., Wylot, M., Betancourt, A., Bower, G., Cossetti, C., De Sa, A., Epping, M., Fawke, S., Gleadall, N., Grenfell, R., Hinch, A., Jackson, S., Jarvis, I., Krishna, B., Nice, F., Omarjee, O., Perera, M., Potts, M., Richoz, N., Romashova, V., Stefanucci, L., Strezlecki, M., Turner, L., De Bie, E.M.D.D., Bunclark, K., Josipovic, M., Mackay, M., Butcher, H., Caputo, D., Chandler, M., Chinnery, P., Clapham-Riley, D., Dewhurst, E., Fernandez, C., Furlong, A., Graves, B., Gray, J., Hein, S., Ivers, T., Le Gresley, E., Linger, R., Kasanicki, M., King, R., Kingston, N., Meloy, S., Moulton, A., Muldoon, F., Ovington, N., Papadia, S., Penkett, C.J., Phelan, I., Ranganath, V., Paraschiv, R., Sage, A., Sambrook, J., Scholtes, I., Schon, K., Stark, H., Stirrups, K.E., Townsend, P., Walker, N., Webster, J., Butlertanaka, E.P., Tanaka, Y.L., Ito, J., Uriu, K., Kosugi, Y., Suganami, M., Oide, A., Yokoyama, M., Chiba, M., Motozono, C., Nasser, H., Shimizu, R., Kitazato, K., Hasebe, H., Irie, T., Nakagawa, S., Wu, J., Takahashi, M., Fukuhara, T., Shimizu, K., Tsushima, K., Kubo, H., Kazuma, Y., Nomura, R., Horisawa, Y., Nagata, K., Kawai, Y., Yanagida, Y., Tashiro, Y., Tokunaga, K., Ozono, S., Kawabata, R., Morizako, N., Sadamasu, K., Asakura, H., Nagashima, M., Yoshimura, K., Cárdenas, P., Muñoz, E., Barragan, V., Márquez, S., Prado-Vivar, B., Becerra-Wong, M., Caravajal, M., Trueba, G., Rojas-Silva, P., Grunauer, M., Gutierrez, B., Guadalupe, J.J., Fernández-Cadena, J.C., Andrade-Molina, D., Baldeon, M., Pinos, A., Bowen, J.E., Joshi, A., Walls, A.C., Jackson, L., Martin, D., Smith, K.G.C., Bradley, J., Briggs, J.A.G., Choi, J., Madissoon, E., Meyer, K.B., Mlcochova, P., Ceron-Gutierrez, L., Doffinger, R., Teichmann, S.A., Fisher, A.J., Pizzuto, M.S., de Marco, A., Corti, D., Hosmillo, M., Lee, J.H., James, L.C., Thukral, L., Veesler, D., Sigal, A., Sampaziotis, F., Goodfellow, I.G., Matheson, N.J., Sato, K., Gupta, R.K. Altered TMPRSS2 usage by SARS-CoV-2 Omicron impacts infectivity and fusogenicity. Nature 603, 706–714 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-04474-x
  • A. Carrazco-Montalvo, I. Armendáriz-Castillo, C.L. Tello, D. Morales, R. Armas-Gonzalez, D. Guizado-Herrera, A. León-Sosa, D. Ramos-Sarmiento, B. Fuertes, P. Cárdenas, S. Márquez, B. Prado-Vivar, J.J. Guadalupe, B. Gutiérrez, M.B. Wong, M. Grunauer, G. Trueba, P. Rojas-Silva, V. Barragán, L. Patino, First detection of SARS-CoV-2 variant B.1.1.529 (Omicron) in Ecuador. New Microbes and New Infections, Volume 45, 2022, 100951, https://doi.org/10.1016/j.nmni.2022.100951.

→ 2021

  • Barreiro-Costa O, Morales-Noboa G, Rojas-Silva P, Lara-Barba E, Santamaría-Aguirre J, Bailón-Moscoso N, Romero-Benavides JC, Herrera A, Cueva C, Ron-Garrido L, Poveda A, Heredia-Moya J. Synthesis and Evaluation of Biological Activities of Bis (spiropyrazolone) cyclopropanes: A Potential Application against Leishmaniasis. Molecules. 2021 Aug 17;26(16):4960. doi: 10.3390/molecules26164960. PMID: 34443548; PMCID: PMC8398714.
  • Bernardo Gutierrez, Sully Márquez, Belén Prado-Vivar, Mónica Becerra-Wong, Juan José Guadalupe, Darlan Da Silva Candido, Juan Carlos Fernandez-Cadena, Gabriel Morey-Leon, Rubén Armas-Gonzalez, Derly Madeleiny Andrade-Molina, Alfredo Bruno, Domenica De Mora, Maritza Olmedo, Denisse Portugal, Manuel Gonzalez, Alberto Orlando, Jan Felix Drexler, Andres Moreira-Soto, Anna-Lena Sander, Sebastian Brünink, Arne Kühne, Leandro Patiño, Andrés Carrazco-Montalvo, Orson Mestanza, Jeannete Zurita, Gabriela Sevillano, Louis Du Plessis, John T McCrone, Josefina Coloma, Gabriel Trueba, Verónica Barragán, Patricio Rojas-Silva, Michelle Grunauer, Moritz U G Kraemer, Nuno R Faria, Marina Escalera-Zamudio, Oliver G Pybus, Paúl Cárdenas. Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 transmission lineages in Ecuador. Virus evolution 2021 7(2), https://doi.org/10.1093/ve/veab051
  • Egas D, Guadalupe JJ, Prado-Vivar B, Becerra-Wong M, Márquez S, Castillo S, Latta J, Rodriguez F, Escorza G, Trueba G, Grunauer M, Barragán V, Rojas-Silva P, Cárdenas P. SARS-CoV-2 detection and sequencing in heart tissue associated with myocarditis and persistent arrhythmia: A case report. IDCases 2021;25:e01187. doi: 10.1016/j.idcr.2021.e01187. Epub 2021 Jun 11. PMID: 34136351; PMCID: PMC8192838.
  • Prado-Vivar B, Becerra-Wong M, Guadalupe JJ, Márquez S, Gutierrez B, Rojas-Silva P, Grunauer M, Trueba G, Barragán V, Cárdenas P. A case of SARS-CoV-2 reinfection in Ecuador. Lancet Infect Dis. 2021 Jun;21(6):e142. doi: 10.1016/S1473-3099(20)30910-5. Epub 2020 Nov 23. PMID: 33242475; PMCID: PMC7833993.

→ 2020

  • Sully Márquez, Belén Prado-Vivar, Juan José Guadalupe, Bernardo Gutierrez, Mónica Becerra-Wong, Manuel Jibaja, Milton Tobar, Verónica Barragán, Patricio Rojas-Silva, Josefina Coloma, Gabriel Trueba, Michelle Grunauer, Paúl Cárdenas. Metagenome of a Bronchoalveolar Lavage Fluid Sample from a Confirmed COVID-19 Case in Quito, Ecuador, Obtained Using Oxford Nanopore MinION Technology. Microbiology Resource Announcements Oct 2020, 9 (41) e00996-20; DOI: 10.1128/MRA.00996-20
  • Konno Y, Kimura I, Uriu K, Fukushi M, Irie T, Koyanagi Y, Sauter D, Gifford RJ; USFQ-COVID19 Consortium, Nakagawa S, Sato K. SARS-CoV-2 ORF3b Is a Potent Interferon Antagonist Whose Activity Is Increased by a Naturally Occurring Elongation Variant. Cell Rep. Sep 22;32(12):108185. doi: 10.1016/j.celrep.2020.108185. Epub 2020 Sep 4. PMID: 32941788.

→ 2019

  • Rommy Teran R, Guevara R, Mora J, Dobronski L, Barreiro-Costa O, Beske T, Pérez-Barrera J, Araya-Maturana R, Rojas-Silva P, Poveda A, Heredia-Moya J. Characterization of Antimicrobial, Antioxidant, and Leishmanicidal Activities of Schiff Base Derivatives of 4-Aminoantipyrine. Molecules 24, 2696. doi:10.3390/molecules24152696

→ 2018

  • High Prevalence of Extended-Spectrum Beta-Lactamase CTX-M–Producing Escherichia coli in Small-Scale Poultry Farming in Rural Ecuador
    Hayden D. Hedman, Joseph N. S. Eisenberg, Karla A. Vasco, Christopher N. Blair, Gabriel Trueba, Veronica J. Berrocal and Lixin Zhang
    Publisher: The American Society of Tropical Medicine and Hygiene
    Source: The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene
    Available online: 19 November 2018
    Document Type: Research Article
    DOI: https://doi.org/10.4269/ajtmh.18-0173
  • Locals Get Travelers’ Diarrhea Too: Risk factors for diarrheal illness and pathogenic E. coli infection across an urban‐rural gradient in Ecuador
    Shanon M. Smith, Lorena Montero, Maritza Paez, Estefania Ortega, Eric Hall, Kate Bohnert, Xavier Sanchez, Edison Puebla, Pablo Endara, William Cevallos, Gabriel Trueba, Karen Levy
    First published: 16 November 2018
    https://doi.org/10.1111/tmi.13183
    This article has been accepted for publication and undergone full peer review but has not been through the copyediting, typesetting, pagination and proofreading process, which may lead to differences between this version and the Version of Record. Please cite this article as doi: 10.1111/tmi.13183
  • Antibiotic Resistome Associated with Smallscale Poultry Production in Rural Ecuador.
    Xueping Guo, Robert D. Stedtfeld, Hayden Hedman, Joseph N.S.Eisenberg,Gabriel Trueba, Daqiang Yin, James M. Tiedje, and Lixin Zhang.
    Environ. Sci. Technol., Just Accepted Manuscript. DOI: 10.1021/acs.est.8b01667. Publication Date (Web): 26 Jun 2018.
    Downloaded from http://pubs.acs.org on June 27, 2018
  • The geospatial relationship of pterygium and senile cataract to ambient solar ultraviolet in tropical Ecuador. 2018
    Daniel R. Garzon-Chavez, Emmanuelle Quentin, Simone Lee Harrison, Alfio Parisi, Harry J. Butler and Nathan Downs
    http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2018/pp/c8pp00023a#!divAbstract
  • Potential Zoonotic Transmission of Giardia duodenalis in Semi-rural Communities Near Quito, Ecuador. 2018
    Marysol Sarzosa1, Jay P. Graham2, Liseth Salinas1, Gabriel Trueba1
    http://www.jarvm.com/articles/Vol16Iss1/Vol16%20Iss1%20Trueba.pdf
  • Bacterial identification of the vaginal microbiota in Ecuadorian pregnant teenagers: an exploratory analysis. 2018
    Ana María Salinas1, Verónica Gabriela Osorio1, Pablo Francisco Endara1,2, Eduardo Ramiro Salazar3, Gabriela Piedad Vasco1,3, Sandra Guadalupe Vivero3, Antonio Machado
    https://peerj.com/articles/4317/
  • Isolation of Oropouche Virus from Febrile Patient, Ecuador. 2018
    Emma L. Wise, Steven T. Pullan, Sully Márquez, Verónica Paz, Juan D. Mosquera, Sonia Zapata, Simon K. Jackson, Gyorgy Fejer, Gabriel Trueba, and Christopher H. Logue
    https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/24/5/17-1569_article
  • Changes in dominant Escherichia coli and antimicrobial resistance after 24 hr in fecal matter. 2018
    Sofía Barrera, Paul Cardenas, Jay P. Graham, Gabriel Trueba.
    https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/mbo3.643

→ 2017

  • Multiplex Peptide Nucleic Acid Fluorescence In Situ Hybridization (PNA-FISH) for Diagnosis of Bacterial Vaginosis. 2017
    Machado A1, Cerca N1
    https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-4939-7037-7_13
  • Small-Scale Food Animal Production and Antimicrobial Resistance: Mountain, Molehill, or Something in-between? 2017
    Jay P. Graham1 Joseph N.S. Eisenberg,2 Gabriel Trueba,3 Lixin Zhang,4,5 and Timothy J. Johnson6
    https://ehp.niehs.nih.gov/ehp2116/
  • Molecular phylogeny of 42 species of Culicoides (Diptera, Ceratopogonidae) from three continents. 2017
    Denis Augot, Bruno Mathieu, Leila Hadj-Henni, Véronique Barriel, Sonia Zapata Mena, Sylvia Smolis, Darine Slama, Fano José Randrianambinintsoa, Gabriel Trueba, Matthieu Kaltenbach, Nil Rahola, and Jérôme Depaquit
    https://www.researchgate.net/publication/317835697_Molecular_phylogeny_of_42_species_of_Culicoides_Diptera_Ceratopogonidae_from_three_continents

→ 2016

  • First Complete Genome Sequences of Zika Virus Isolated from Febrile Patient Sera in Ecuador. 2016
    S. Márquez, a J. Carrera, a S. T. Pullan,b K. Lewandowski,K V. Paz,c N. Loman,d J. Quick,d D. Bonsall,e R. Powell,f J. Thézé,g O. G. Pybus,g P. Klenerman, e J. Eisenberg,h J. Coloma,i M. W. Carroll,b G. Trueba,a C. H. Loguea,b
    http://evolve.zoo.ox.ac.uk/Evolve/Oliver_Pybus_files/GenomeSequencesOfZIKVfromEcuador.pdf
  • Bacteria associated with human saliva are major microbial components of Ecuadorian indigenous beers (chicha). 2016
    Ana L. Freire, Sonia Zapata, Juan Mosquera, Maria Lorena Mejia and Gabriel Trueba
    https://www.researchgate.net/publication/301688138_Bacteria_associated_with_human_saliva_are_major_microbial_components_of_Ecuadorian_indigenous_beers_chicha
  • Antibiotic Resistance in Animal and Environmental Samples Associated with Small-Scale Poultry Farming in Northwestern Ecuador. 2016
    Nikolay P. Braykov,a Joseph N. S. Eisenberg,b Marissa Grossman,a Lixin Zhang,c,d Karla Vasco,e William Cevallos,e,f Diana Muñoz,e Andrés Acevedo,e Kara A. Moser,b Carl F. Marrs,b Betsy Foxman,b James Trostle,g Gabriel Trueba,e Karen Levy
    http://msphere.asm.org/content/msph/1/1/e00021-15.full.pdf
  • Detection of Zoonotic Enteropathogens in Children and Domestic Animals in a Semirural Community in Ecuador. 2016
    Karla Vascoa, Jay P. Grahamb and Gabriel Truebaa
    http://aem.asm.org/content/82/14/4218.abstract
  • Draft genome sequence of the first pathogenic Leptospira isolates from Ecuador. 2016
    Veronica Barragan, Jason W. Sahl, Kristin Wiggins, Jorge Chiriboga, Ana Salinas, Nancy E. Cantos, Mariana N. Loor, Bertha I. Intriago, Melba Morales, Gabriel Trueba, Talima Pearson
    https://nau.pure.elsevier.com/en/publications/draft-genome-sequence-of-the-first-pathogenic-leptospira-isolates

→ 2015

  • Diagnosis of bacterial vaginosis by a new multiplex peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization method. 2015
    Machado A1, Castro J1, Cereija T1, Almeida C1, Cerca N1.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25737820
  • Effects of Selection Pressure and Genetic Association on the Relationship between Antibiotic Resistance and Virulence in Escherichia coli. 2015
    Lixin Zhanga*, Karen Levyb, Gabriel Truebac, William Cevallosd, James Trostlee, Betsy Foxmana, Carl F. Marrsa and Joseph N. S. Eisenberga
    http://aac.asm.org/content/59/11/6733.full

→ Años anteriores

  • Poulsen, K. P. et al. Brucellosis in Dairy Cattle and Goats in Northern Ecuador. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 90, 712–715 (2014).
    Guamán, L., Zapata, S., Serrano, M. & Trueba P., G. A. Caracterización de las bacterias ácido lácticas aisladas de alimentos fermentados radicionales del Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 6, (2014).
  • Bhavnani, D., Goldstick, J. E., Cevallos, W., Trueba, G. & Eisenberg, J. N. S. Impact of Rainfall on Diarrheal Disease Risk Associated with Unimproved Water and Sanitation. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 90, 705–711 (2014).
  • Monar, M., Dávalos, I., Zapata, S., Caviedes, M. & Ramírez-Cárdenas, L. Caracterización química y microbiológica del kéfir de agua artesanal de origen ecuatoriano. Avances en Ciencias e Ingeniería 6, (2014).
  • Gabriel Trueba. Why does Evolution Matter? The Importance of Understanding Evolution. (2014). doi:10.13140/2.1.5040.0323
  • Zurita, J. et al. Healthcare-associated respiratory tract infection and colonization in an intensive care unit caused by Burkholderia cepacia isolated in mouthwash. International Journal of Infectious Diseases 29, 96–99 (2014).
  • Vasco, G. et al. Identifying Etiological Agents Causing Diarrhea in Low Income Ecuadorian Communities. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 91, 563–569 (2014).
  • Levy, K. et al. Household effectiveness vs. laboratory efficacy of point-of-use chlorination. Water Research 54, 69–77 (2014).
  • Ayala, S. et al. Detection and Characterization of Infectious Laryngotracheitis Virus from an Outbreak of Respiratory Disease in Ecuador. Intern J Appl Res Vet Med 12, 245–248 (2014).
  • Trueba, G. in Confronting Emerging Zoonoses (eds. Yamada, A. et al.) 3–11 (Springer Japan, 2014).
  • Cardenas, P. A. et al. Staphylococcus aureus outbreak in the intensive care unit of the largest public hospital in Quito, Ecuador. Int. Microbiol. 16, 81–86 (2013).
  • Trueba, G. et al. Escherichia coli O157:H7 in Ecuador: Animal Reservoirs, Yet No Human Disease. Vector-Borne and Zoonotic Diseases 13, 295–298 (2013).
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  • Rojas, M. I. et al. Deteccion de Coxiella burnetii en leche de bovinos domesticos del Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 5, (2013).
  • Zabala, C., Barragán, V. & Trueba P., G. A. Erratum: Presencia de Brucella sp. en cabras de la ciudad de Quito, provincia de Pichincha, Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 5, B9–B11 (2013).
  • Abril, A., Vasco, L., Espinel, M., Coloma, J. & Trueba, G. Difficulties in the differential diagnosis of dengue and leptospirosis in Guayaquil. Avances en Ciencias e Ingeniería 5, B10–B13 (2013).
  • Zabala, C., Barragán, V. & Trueba P., G. A. Erratum: Presencia de Brucella sp. en cabras de la ciudad de Quito, provincia de Pichincha, Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 5, B9–B11 (2013).
  • Bermeo, E., Barragan, V., Torres, A., Acosta, A. & Trueba, G. First report of Porcine Circovirus 2 (PCV2) circulation in Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 5, B2–B4 (2013).
  • Cifuentes, S. G. et al. Transition in the Cause of Fever from Malaria to Dengue, Northwestern Ecuador, 1990–2011. Emerging Infectious Diseases 19, 1642–1645 (2013).
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  • Escobar, J. C. et al. Plesiomonas shigelloides Infection, Ecuador, 2004–2008. Emerging Infectious Diseases 18, 322–324 (2012).
  • Zapata, S. et al. A study of a population of Nyssomyia trapidoi (Diptera: Psychodidae) caught on the Pacific coast of Ecuador. Parasites & Vectors 5, 144 (2012).
  • Bhavnani, D. et al. Bhavnani et al. Respond to ‘Assessing Mechanistic Interaction’. American Journal of Epidemiology 176, 400–401 (2012).
  • Bhavnani, D., Goldstick, J. E., Cevallos, W., Trueba, G. & Eisenberg, J. N. S. Synergistic Effects Between Rotavirus and Coinfecting Pathogens on Diarrheal Disease: Evidence from a Community-based Study in Northwestern Ecuador. American Journal of Epidemiology 176, 387–395 (2012).
  • Eisenberg, J. N. S. et al. In-roads to the spread of antibiotic resistance: regional patterns of microbial transmission in northern coastal Ecuador. Journal of The Royal Society Interface 9, 1029–1039 (2012).
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  • Zabala, C., Barragán, V. & Trueba P., G. A. Presencia de Brucella sp. en cabras de la ciudad de Quito, provincia de Pichincha, Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 4, (2012).
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  • Platt, K. B. et al. Detection of Dengue Virus Neutralizing Antibodies in Bats from Costa Rica and Ecuador. Journal of Medical Entomology 37, 965–967 (2000).
  • Trueba, G. et al. Detection of Fasciola hepatica infection in a community located in the Ecuadorian Andes. Am. J. Trop. Med. Hyg. 62, 518 (2000)

Libros:

VIROLOGY, AN INTERACTIVE GUIDE

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Servicios

Laboratorio de Microbiología de Alimentos

El Laboratorio de Microbiología de Alimentos cuenta con personal especializado y con metodologías actualizadas para brindar el mejor servicio en Microbiología de Alimentos en indicadores de calidad e inocuidad. Nos basamos en normas estandarizadas a nivel mundial. Nuestro laboratorio está en proceso de acreditación de la Norma ISO 17025 y ofrece los siguientes servicios:

Microbiología de Alimentos:

  • Recuento de aerobios mesófilos. Método AOAC 990.12.
  • Recuento de coliformes y Escherichia coli. Método AOAC 991.14.
  • Recuento de coliformes y Escherichia coli por número más probable. Método BAM 4.
  • Recuento de mohos y levaduras. Método BAM 18.
  • Recuento de Staphylococcus aureus AOAC 2001.05.
  • Recuento de Enterobacterias AOAC 2003.01.
  • Determinación molecular de Salmonella entérica. Método AOAC 2013.09.
  • Determinación molecular de Listeria monocytogenes. AOAC 081203.

Microbiología de muestras de agua:

  • Análisis de agua potable. Standard Methods 9222 B.
  • Análisis de agua purificada envasada. Standard Methods 9222 D, 9213 E y AOAC 990.12

Otros Análisis:

  • Servicio de toma de muestras.
  • Análisis molecular de muestras de alimentos.
  • Identificación molecular de colonias aisladas de varias especies.
  • Índice de fenol para desinfectantes.
  • Análisis microbiológico de superficies en contacto con alimentos.
  • Análisis varios de acuerdo a la necesidad del cliente..
  • Investigación de origen de deterioro en alimentos.

Dirección y contactos:

Diego de Robles s/n y Pampite. Dentro de la Universidad San Francisco de Quito.
Teléfono: 2971700 ext. 1278 o 1317
Lorena Mejía: mmejia@usfq.edu.ec
Joselyn Rivera: jrivera@usfq.edu.ec
Laboratorio: labmicroalimentos@usfq.edu.ec

Laboratorio de Virología

Es un laboratorio que brinda el servicio de diagnóstico molecular veterinario, con personal capacitado en el área de virología. Nos ajustamos a su necesidad de diagnóstico con la estandarización de la prueba para el virus solicitado, ofreciendo los siguientes servicios.

  • Diagnóstico molecular de Mycoplasma hyopneumoniae

Virus

  • Diagnóstico molecular de Influenza (screening).
  • Diagnóstico molecular de Influenza H1N1.
  • Diagnóstico molecular de Influenza H3N2.
  • Estandarización de diagnóstico molecular para otros virus.

Dirección y contactos:

Diego de Robles s/n y Pampite. Dentro de la Universidad San Francisco de Quito.
Teléfono: 2971700 ext. 1315
Sully Márquez: smarqueza@usfq.edu.ec

Laboratorio de Microbiología Clínica

El área de diagnóstico clínico del Instituto de Microbiología, de la Universidad San Francisco de Quito, ofrece el servicio de diagnóstico microbiológico clínico humano a través de metodología tradicional con ensayos cualitativos y semicuantitativos, éstos procesos buscan ser una herramienta de diagnóstico para médicos a través de la identificación de bacterias responsables de infecciones, así como la susceptibilidad antimicrobiana de las mismas, el laboratorio cuenta además con un área de biología molecular para casos especiales en donde no es posible identificar bacterias por ensayos tradiciones y requieran mayor investigación. El laboratorio ofrece los siguientes servicios:

  • Urocultivo y Antibiograma.
  • Cultivo y Antibiograma Secreción Vaginal.
  • Cultivo y Antibiograma Secreción Uretral.
  • Cultivo y Antibiograma Secreción Faríngea.
  • Cultivo y Antibiograma Secreción O Exudado Ótico.
  • Cultivo y Antibiograma Secreción Ocular.
  • Cultivo y Antibiograma de Líquido Seminal.
  • Cultivo y Antibiograma de Líquido Sinovial.
  • Cultivo y Antibiograma de Líquido Cefalorraquídeo.
  • Cultivo y Antibiograma de Esputo.
  • Investigación de Streptococcus Grupo B.
  • Investigación de Hongos Dermatophytos.
  • Cultivo y Antibiograma de Heridas.
  • Cultivo y Antibiograma de Abscesos.
  • Cultivo y Antibiograma otros Líquidos.
  • Cultivo y Antibiograma otras Secreciones.
  • Coprocultivo y Antibiograma.
  • Hemocultivo y antibiograma.
    • Análisis Molecular.

Adicionalmente, el Instituto de Microbiología de la USFQ presta los servicios de diagnóstico molecular de 33 genotipos del virus de papiloma humano (HPV), entre alto y bajo riesgo, y la detección molecular simultánea de un conjunto de enfermedades de transmisión sexual (ETS) que incluyen los siguientes parásitos, bacterias y virus:

  • Chlamydia trachomatis.
  • Neisseria gonorrhoeae.
  • Trichomona vaginalis.
  • Mycoplasma genitalium.
  • Mycoplasma hominis.
  • Ureaplasma urealyticum/parvum.
  • Herpes simplex virus 1.
  • Herpes simplex virus 2.
  • HPV6.
  • HPV11.

El diagnóstico de HPV y otras ETS se realiza a partir de tecnología GenoFlow de Diagcor® que combina la reacción en cadena de la polimerasa con tecnología de hibridación.

Dirección y contactos:

Diego de Robles s/n y Pampite. Dentro de la Universidad San Francisco de Quito.

Microbiología Clínica
Cristina Chávez: achavez@usfq.edu.ec
Teléfono: 2971700 ext. 1319

Diagnóstico Molecular
Juan Mosquera: jdmosquera@usfq.edu.ec
Teléfono: 2971700 ext. 2051

Alianzas

University of Michigan
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Financiera.

Northern Arizona University
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Financiera, académica e investigación.

The George Washington University
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Financiera, académica e investigación.

Emory University
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Financiera, académica e investigación.

Université de Reims Champagne-Ardenne
País: Francia.
Tipo de Cooperación: Financiera, académica e investigación.

Universidad Central del Ecuador
País: Ecuador.
Tipo de Cooperación: Investigación.

University of California
País: Estados Unidos
Tipo de Cooperación: Financiera, académica e investigación.

Royal Tropical Institute
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública – INSPI
País: Ecuador.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Parque Nacional Galápagos.
País: Ecuador.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Universidad Nacional de Misiones.
País: Argentina.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Universidad de Sao Paulo.
País: Brasil.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Universidad Politécnica Salesiana.
País: Ecuador.
Tipo de Cooperación: Investigación.

University of Southern Florida.
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Workshops

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Este taller es una breve capacitación al diseño de primers, utilizando programas bioinformáticos totalmente gratis y pretende dar una orientación a aquellas personas que están incursionando por primera vez en esta amplísima disciplina que es la Bioinformática...
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La Hibridación In Situ Fluorescente (FISH) es una técnica molecular que permite localizar un determinado fragmento de la secuencia de los ácidos nucleicos y pone de manifiesto la presencia o ausencia de secuencias génicas específicas. ...

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Primers design, in silico validation and PCR troubleshooting

La reacción en cadena de la polimerasa (del inglés PCR) tiene muchas aplicaciones en biología molecular, microbiología, medicina y biotecnología. Todas estas aplicaciones dependen del empleo de parejas de cebadores o primers, que sirven de puntos de...
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